乌鲁木齐海关始建于1944年，当时称“新疆关”，由国民政府海关总税务司署设立。1950年3月9日，中华人民共和国海关总署发布通令，将“新疆关”更名为“中华人民共和国迪化关”；1954年2月13日，海关总署电令“迪化关”更名为“乌鲁木齐关”；1980年8月，正式称为“中华人民共和国乌鲁木齐海关”。1984年9月，经国务院批准为正局级海关。2018年3月，中央作出深化党和国家机构改革的部署，明确国家质量监督检验检疫总局的出入境检验检疫管理职责和队伍划入海关总署。2018年4月，原新疆出入境检验检疫局完成机构转隶，正式划入乌鲁木齐海关。作为全国监管面积最大的直属海关，毗邻8个国家，辖区面积达166万平方公里，占我国陆地面积的六分之一；辖区有5700公里的边境线，占我国陆地边境线总长的四分之一；最远的口岸边关距乌鲁木齐市1775公里，最近的477公里。

  乌鲁木齐海关现有各类机构50个，其中，总关机关内设部门19个，事业单位5个，隶属海关单位20个。

  目前，国家批准的新疆对外开放口岸有21个，其中，航空口岸3个、铁路口岸2个、公路口岸16个。其中，航空口岸有乌鲁木齐航空口岸、喀什航空口岸、伊宁航空口岸。铁路口岸有阿拉山口铁路口岸、霍尔果斯铁路口岸。公路口岸中，新疆与蒙古的边境口岸有4个，新疆与哈萨克斯坦的边境口岸有7个（其中阿黑土别克口岸、木扎尔特口岸未开通），新疆与吉尔吉斯共和国的边境口岸有3个，新疆与巴基斯坦的边境口岸有1个，新疆与塔吉克斯坦的边境口岸有1个。